巧克力囊肿在临床中通常指卵巢巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症。该病恶变主要发生在卵巢，其他部位相对较少见。若患者出现以下症状，应警惕内异症恶变：1. 绝经后内异症患者，疼痛节律改变；2. 卵巢囊肿直径大于10cm；3. 影像学检查显示恶性征象；4. 血清CA12-5含量超过200IU/mL。治疗应遵循卵巢癌的治疗原则，预后通常优于非内异症恶变的卵巢癌。对于卵巢巧克力囊肿患者，首选手术治疗，手术指征包括：1. 卵巢子宫内膜异位囊肿直径大于等于4cm；2. 合并不孕；3. 痛经药物治疗无效，手术以腹腔镜为首选，但手术后症状复发率较高，故手术后应辅助药物治疗并进行长期管理，可根据病情选择一线或二线药物用于术后治疗，以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛复发，但停药后症状常会很快再出现。对于卵巢巧克力囊肿患者，在无生育需求的情况下，可使用GnRH（即促性腺激素释放激素）来延缓复发。若患者想要孩子，应尽快生育，生育后也有助于病情的复发控制。