怀孕肚子会痛的原因主要是胚胎着床和子宫增大，也有少数是病理因素。

1、胚胎着床。受精卵形成后从输卵管运行到子宫腔，会在子宫内膜着床发育，在这个过程中可能会刺激着床的部位，导致子宫发生收缩，因此会出现肚子疼痛，但是一般不严重，不会超过平时的痛经。

2、子宫增大。随着胚胎的生长发育，子宫为了适应胚胎也会增大，子宫肌纤维会不断的拉伸，神经因此受到刺激，因此出现肚子疼痛。

3、病理因素。如先兆流产，宫外孕等情况，均有可能会发生怀孕期间肚子疼，需要及时去医院就诊。